Trama ambientada en el mundo del espionaje donde Michael Thorton, un agente del gobierno sin muchas tablas está entrenado para neutralizar a todos cuantos pongan en peligro la seguridad nacional.
Su objetivo es enderezar las misiones en las que otros fracasan y evitar la catástrofe internacional, para lo cual tendrá que echar mano de toda su destreza y audacia, hacer pesquisas y servirse de la misma norma con la que sus enemigos pretenden frenarlo: el protocolo alfa.
Todo lo que haga Thorton afectará al destino del mundo actual. De ahí que sea tan importante que el jugador no sólo decida qué hará, sino también qué personalidad y actitud tendrá el protagonista. La mezcla de combate moderno (que destaca por su dinamismo), las posibilidades de avance del personaje y los elementos tomados del rol dan a Alpha Protocol un aire innovador nada habitual en este género.
Todos estos elementos hacen de Alpha Protocol un buen ejemplo del rumbo que están tomando los juegos de rol de próxima generación. El realismo del argumento está a la altura de las mejores novelas de espionaje y su calidad está avalada por el nombre de sus creadores: Obsidian Entertainment, responsables de juegos como Star Wars Caballeros de la Antigua República II: Los Señores Sith y Neverwinter Nights 2.
Una nueva forma de ver los juegos de rol: El sistema sin clases permite que los jugadores moldeen a Thorton a su antojo. Podrán perfeccionar su puntería y sus técnicas de combate cuerpo a cuerpo más letales, hacer que aprenda a manejar artilugios de todo tipo y mucho más.
Espionaje internacional: Los jugadores se dirigirán a los escondites repartidos por los distintos puntos del planeta, donde podrán refugiarse, ponerse al día de las noticias más recientes, informarse de los objetivos de la misión y reunirse con sus contactos.
Un sistema de diálogo repleto de matices: Los diálogos transcurren en tiempo real y están basados en un sistema innovador que hace que los personajes recuerden las conversaciones y la relación que tienen con sus aliados. Los enemigos a los que se enfrente el personaje dependen de la respuesta que elija el jugador y del tono que adopte.
